若将离子交换法与其他纯化水质方法(例如反渗透法、过滤法和活性碳吸附法)组合应用时，则离子交换法在整个纯化系统中将会可服
其缺点发挥其优势，在整个纯化系统中，将扮演非常重要的一个部分。
离子交换法的缺点如下：
1.会产生过量的再生废液；
2.周期较长；
3.耗盐量大；
4.有机物的存在会污染离子交换树脂；
5.排出大量含盐废水易引起管道腐蚀。
此外，对于溶液中存在多种离子时，需要针对不同的目的离子选用不同的树脂，普遍适用性差。
若将离子交换法与其他纯化水质方法(例如反渗透法、过滤法和活性碳吸附法)组合应用时，则离子交换法在整个纯化系统中，将扮演非常重要的一个部分。离子交换法能有效的去除离子，却无法有效的去除大部分的有机物或微生物。而微生物可附着在树脂上，并以树脂作为培养基，使得微生物可快速生长并产生热源。因此，需配合其他的纯化方法设计使用。
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